2018年5—11月对养马岛扇贝养殖区的3个海域进行了7个航次的调查，分析了浮游藻类群落结构的组成、密度、Shannon-Winner多样性指数、Pielou均匀度指数、Margalef丰富度指数和Mc-Naughton优势度指数，并应用典范对应分析（CCA）探讨了环境因子对养殖区浮游藻类优势种的影响。结果表明：养马岛扇贝养殖区检测出的浮游藻类共有5门34属60种，以硅藻门和甲藻门为主，分别占73.33%和13.33%；浮游藻类的密度范围为(1.49～124.92)×104个/L，最高密度和最低密度分别出现在6月和11月；优势种包括尖刺伪菱形藻（Pseudonitzschia pungens）、等鞭金藻（Isochrysis sp.）、蓝隐藻（Chroomonas sp.）、柔弱几内亚藻（Guinardia delicatula）、扁面角毛藻 (Chaetoceros compressus)和丹麦细柱藻（Leptocylindrus danicus）等；浮游植物多样性指数、均匀度指数以及丰富度指数的变化范围分别为0.51～3.62、0.14～1.00、1.08～4.12；CCA分析表明无机氮、无机磷、盐度和温度为影响该海域浮游藻类群落分布的主要因子。总体而言，养马岛扇贝养殖区的浮游藻类分布合理，结构稳定，适合扇贝养殖。

本文综述了近年来海湾扇贝养殖自身污染方面的研究，探讨了其引起的养殖海区生态环境改变的机理，特别是对衡量水体的各项指标产生的影响，就实现海湾扇贝养殖的可持续发展及沿海生态环境的保护提出了合理建议，指出采用科学、优化的方式进行海水养殖，以期达到经济效益与环境保护的和谐发展，并可通过生物修复等方法控制污染，修复环境。

扇贝保苗活动是在扇贝入海养殖前进行的暂养阶段，可提高扇贝的适应能力，但保苗过程中扇贝死亡情况时有出现。为了解扇贝幼苗养殖环境质量状况，于2017年4—5月对莱州扇贝保苗池塘进行了调查研究。结果显示，有机污染评价指数小于1，环境状况良好，未受到有机污染；营养状态指数大多大于1，富营养化现象频繁出现；综合环境质量评价指数大部分小于0.75，表现为轻度污染。化学需氧量和无机氮是各项污染的主要因素，尤需重视。研究共鉴定出浮游植物5门52种，硅藻种类数最多，优势种呈现稳定多样化，生物多样性高，生态结构较稳定。研究表明莱州扇贝保苗池塘环境质量整体上适宜扇贝幼苗的养殖，扇贝生长状态受自身体质的限制。